Alokasi link memecahkan masalah fragmentasi eksternal dan masalah deklarasi ukuran berkas pada alokasi berkesinambungan tetapi pada FAT alokasi link tidak mendukung akses langsung dari pointer ke blok yang letaknya tersebar pada disk dan harus diurutkan. Alokasi berindeks memecahkan masalah ini dengan menyimpan semua pointer pada suatu lokasi khusus. Lokasi ini disebut blok indeks.

Setiap berkas memiliki satu blok indeks. Alokasi berindeks memiliki direktori yang berisi nama bekas dan blok indeks. Ketika sebuah berkas dibuat semua pointer pada blok indeks diset NULL. Ketika suatu blok baru pertama kali ditulis blok itu diatur oleh manajemen ruang kosong dan alamatnya dimasukkan ke blok indeks.

Gambar 17.5. Gambar Alokasi Berindeks

Alokasi berindeks menggunakan akses langsung tanpa mengalami fragmentasi eksternal karena blok kosong pada disk dapat digunakan untuk berkas lain. Alokasi berindeks memerlukakan suatu blok khusus yang berisi blok indeks. Hal ini sangat merugikan jika blok indeks lebih banyak daripada pointer.

Dengan alokasi link kita kehilangan banyak ruang untuk satu pointer per blok. Dengan alokasi berindeks semua blok indeks harus dialokasikan, walaupun hanya satu atau dua pointer yang tidak NULL.

Hal diatas menimbulkan pertanyaan seberapa besar seharusnya blok indeks yang tepat. Setiap berkas harus ada dalam blok indeks, maka harus menyediakan blok indeks seminimal mungkin. Jika blok indeks terlalu kecil, maka tidak bisa memenuhi kebutuhan berkas yang ukurannya besar. Ada tiga mekanisme yang bisa mengatasi masalah ini, yaitu sebagai berikut: