Berkas-berkas tertentu harus mempunyai struktur yang dimengerti oleh sistem operasi. Contohnya, sistem operasi mungkin mensyaratkan bahwa sebuah berkas executable harus mempunyai struktur yang spesifik sehingga dapat ditentukan dimana berkas tersebut dapat di-load dari memori dan dimana lokasi dari instruksi pertama. Berkas dapat distruktur dalam beberapa cara. Cara yang pertama adalah sebuah urutan bytes yang tidak terstruktur. Akibatnya sistem operasi tidak tahu atau peduli apa yang ada dalam berkas, yang dilihatnya hanya bytes. Ini menyediakan fleksibilitas yang maksimum. User dapat menaruh apapun yang mereka mau dalam berkas, dan sistem operasi tidak membantu, namun tidak juga menghalangi.

Cara yang kedua adalah dengan record sequence. Dalam model ini semua berkas adalah sebuah urutan dari rekaman-rekaman yang telah ditentukan panjangnya, masing-masing dengan beberapa struktur internal. Artinya bahwa sebuah operasi read membalikkan sebuah rekaman dan operasi write menimpa atau menambahkan suatu rekaman.

Cara yang ketiga, adalah menggunakan sebuah tree. Dalam struktur ini sebuah berkas terdiri dari sebuah tree dari rekaman-rekaman tidak perlu dalam panjang yang sama, tetapi masing-masing memiliki sebuah field key dalam posisi yang telah diterapkan dalam rekaman tersebut. Tree ini di-sort dalam field key dan mengizinkan pencarian yang cepat untuk sebuah key tertentu.