Untuk menggunakan format Maildir dalam menangani setiap mail yang masuk ke alamat Anda, jalankan perintah :
$ maildirmake $HOME/Maildir
$ echo ./Maildir/ > /.qmail
Jangan lupa setelah Maildir tambahkan slash sebagaimana dituliskan di atas. Jalankan proses tersebut terhadap setiap user. Untuk MUA (mail client) yang hanya mendukung format mbox, qmail menyertakan program maildir2mbox yang dijalankan bersama wrapper elq dan pineq. Dengan demikian, setiap kali Anda menjalankan pine atau elm, wrapper tersebut akan memanggil program maildir2mbox, sehingga MUA favorit Anda tidak akan bermasalah menggunakan format maildir.
Catatan:
Variasi dapat dibuat dengan menerapkan format Maildir pada user tertentu, dan format mbox pada user lainnya. Penerapan ini cukup ideal, jika anda mempunyai user yang mengambil e-mail lewat POP3 secara remote dan lokal. Untuk user yang mengambil e-mail secara remote, diterapkan format maildir, dan yang lokal diterapkan format mbox.Langkah selanjutnya adalah mengkopi file-file yang berada dalam /var/qmail/boot/home ke dalam /var/qmail/rc.
# cd /var/qmail/boot/home
# cp * /var/qmail/rc.